Jährlich werden vier einsemestrige Stipendien an herausragende südosteuropäische Promovierende vergeben. Die ersten beiden Stipendiaten des Frankfurter Programms waren 2008 und 2009 in Frankfurt. Die Auswahl der Stipendiatinnen und Stipendiaten erfolgt in Kooperation mit dem Wissenschaftskolleg in Berlin und assoziierten Partnerinstitutionen in Südosteuropa.
Die Stipendien werden durch eine Förderung der Hertie-Stiftung ermöglicht.